Moosburg an der Isar topographic map
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Moosburg liegt am nordöstlichsten Ende der Münchner Schotterebene am Übergang zum Donau-Isar-Hügelland sowie zum Isar-Inn-Hügelland. Während das alte Stadtzentrum sowie weitere Teile der Stadt auf einem tertiären Höhenzug zwischen der Isar und der nördlich der Stadt einmündenden Amper liegen, wird das restliche Stadtgebiet durch die Auwälder der beiden Flüsse begrenzt; so gibt es im Süden des Stadtgebietes das Naturschutzgebiet Isarauen zwischen Hangenham und Moosburg. Auch sonst ist das Stadtgebiet durch eine Vielzahl von Flüssen, Bächen und Kanälen geprägt. So fließen neben Isar und Amper auch die Sempt und der Mittlere-Isar-Kanal direkt an Moosburg vorbei. Hier befinden sich die Uppenbornwerke der Stadtwerke München. Die Speicherseen dieser Anlage bilden die Vogelfreistätte Mittlere Isarstauseen.